Alpaka Huacaya w światowej populacji tego gatunku (szacuje się, że stanowi ona nawet 85% wśród wszystkich tych zwierząt). Wyróżnia się ona z z uwagi na swoje gęste i karbowane runo. To właśnie ono uchodzi za najbardziej charakterystyczną cechę tych zwierząt. Włókna, które mają alpaki Huacaya, rosną w prostopadły do powierzchni ciała, co przekłada się na wyjątkowo silny efekt puszystości oraz miękkości. W runie alpak Huacaya można znaleźć włókna różniące się między sobą pod kątem średnicy, co nadaje im unikalną strukturę oraz fakturę. Taki stan rzeczy sprawia, że runo alpak Huacaya jest miękkie w dotyku, a w niektórych przypadkach nawet gąbczaste. To właśnie takie cechy runa jak miękkość i puszystość sprawiają, że produkty wykonane z wełny Huacaya są powsechnie cenione. Zdolność alpak Huacaya do produkcji włókien o różnej średnicy sprawia, że ich runo może ma różnorodne zastosowania. Roczny przyrost wełny u alpak Huacaya wynosi między od kilku do kilkunastu centymetrów, co oznacza, że regularne ich strzyżenie jest ważne dla zachowania zdrowia i komfortu zwierząt.